Mediace probíhá v několika fázích, které na sebe vzájemně navazují:

Na samém počátku mediátor seznámí účastníky s metodou mediace, s rolí mediátora, jeho chováním v průběhu mediace, informuje je o své nestranností a povinnosti mlčenlivosti, jakož i o výší odměny a nákladů za mediaci.

V dalších fázích dostává každý z účastníků možnost vyjádřit svůj postoj, svoje potřeby, zájmy do budoucna a přání; mediátor shromažďuje informace a rozdílné postoje stran strukturuje tak, aby bylo možné zjistit, v čem skutečně spočívá problém mezi účastníky mediace.

Mediátor podporuje komunikaci mezi stranami, pomáhá jim poznat možná nedorozumění vzniklá např. nedostatkem informací, či chybami komunikace, a akceptovat vzájemně rozdílné potřeby a zájmy, oddělit od sebe osobu a věc (pozici a zájem, tedy „chci“ a „potřebuji“).

Poté mohou být účastníky navrhována řešení, která jsou pro strany smysluplná a přijatelná. Jednotlivé možnosti řešení jsou účastníky mediace hodnoceny a následně je vybráno řešení, které všem zúčastněným přinese nejvíce užitku. Na konci mediace je většinou uzavřena písemná mediační dohoda, v níž je vybrané řešení účastníky písemně popsáno a potvrzeni.

Sepsaná mediační dohoda má v případném soudním sporu stejnou právní sílu jako jakákoliv jiná smlouva. V naprosté většině případů však mediační dohoda jako důkazní prostředek v žádném soudním řízení nefiguruje. To vyplývá ze skutečnosti, že mediace umožňuje nalezení takového řešení, které nejlépe vyhovuje potřebám všech zúčastněných; ti je pak plní dobrovolně a soudního řízení není třeba.

Jestliže strany v průběhu mediace nenaleznou společné řešení jejich problému, mají vždy možnost obrátit se na soud, který o jejich sporu rozhodne.

Jedno mediační jednání trvá většinou tři hodiny, nicméně jeho konečná délka závisí na složitosti projednávané věci. V jedné věci se může uskutečnit více mediačních jednání, vždy dle potřeb účastníků mediace, obvykle v praxi není více jak sedm mediačních setkání. V případě potřeby může mediátor využít různé metody mediace, např. metodu tzv. oddělené mediace, kdy se spornými stranami komunikuje odděleně nebo metodu mediace kyvadlové, kdy mediátor mezi spornými stranami pendluje, poněvadž ti nesedí „u jednoho stolu“.

Mediace je placená služba, odměna mediátora je vždy v mediační smlouvě s mediátorem a spornými stranami písemně dohodnuta před zahájením prvního mediačního jednání.